ניתן לסכם את הגורמים העיקריים המשפיעים על איזון מיקרו -אקולוגי כשלושה היבטים של הסביבה, המארח והמיקרוב.
זיהום אוויר, שינויי אקלים, הזנה ושתייה הידרדרות של מי שתייה, זיהום וגורמים חיצוניים אחרים, יכולים להוביל לתפקוד לקוי של המארח ולהפרעות מטבוליות, ולהשפיע על פלורה מיקרוביאלית ומוטציה של מצב הקולוניזציה. כמו טמפרטורת הסביבה מופחתת, יכול להפחית ביפידובקטריה במעי.
תפקוד החיסון של המארח הוא גורם חשוב להתנגד להתקפה פולשנית ולשיפור היכולת של ההגנה המארחת, והיא גם מערכת חשובה לביטול אנדוטוקסין, מה שמפחית חוסר איזון מיקרוביאלי כאשר הוא מדכא וחיסוני. התפקוד הפיזיולוגי של המארח כמו הפרשת חומצות קיבה, הפרשת מרה, תנועות מעי לא תקינות, מוביל גם הוא להפרעות מיקרו-אקולוגיות.
אנטיביוטיקה היא גורם חשוב בגרימת חוסר איזון בפלורה, נזק קשה לאיזון האקולוגי, מה שמוביל לאובדן מחסום פלורה מארח, אובדן אנטגוניזם ביולוגי, פתוגנים אנדוגניים ופתוגנים אקסוגניים רבייה המונית.
